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食用菌是一類大型真菌的統(tǒng)稱，細菌、真菌、病毒都屬于微生物，他們在自然界有著相同的分類學(xué)地位，只不過食用菌是大型真菌，我們可以都過肉眼可見。微生物，是自然界中最不穩(wěn)定的，隨著繁殖代數(shù)的增多，和環(huán)境的影響，不可避免的會出現(xiàn)退化，甚至?xí)儺?。而對于我們用食用菌生產(chǎn)的菌種來說，就更容易出現(xiàn)退化。食用菌生產(chǎn)者總是希望一個優(yōu)良的菌種能夠一直用下去，而不出現(xiàn)退化的現(xiàn)象，但是，這只是食用菌生產(chǎn)者一個美好的愿望而已。

對于食用菌工廠化生產(chǎn)，菌絲階段的退化現(xiàn)象容易被生產(chǎn)者觀察到，也容易避免。但是出菇階段表現(xiàn)的退化就不容易確定了，首先出菇階段表現(xiàn)的退化影響更大，當發(fā)現(xiàn)后，還至少有兩個月的生產(chǎn)量在培養(yǎng)室中。因此，食用菌生產(chǎn)者都希望能夠在菌絲階段就能夠判斷出來單產(chǎn)和品質(zhì)的退化。
想法是好的，實際上是很難做到的。現(xiàn)在食用菌工廠化的技術(shù)能力，一般不會出現(xiàn)培養(yǎng)階段表現(xiàn)出來的退化現(xiàn)象，除非這個工廠技術(shù)水平太差。在菌絲生長階段沒有明顯異常的情況下，判斷未來出菇單產(chǎn)和品質(zhì)下降是不現(xiàn)實的，也不能草率的做出決定，菌絲培養(yǎng)階段很有可能受到其他不穩(wěn)定因素而導(dǎo)致的異常影響，比如：原材料的變化，配方的變化，季節(jié)的變化，工藝的變化等，都會對菌絲生長階段的表現(xiàn)產(chǎn)生影響，但是這些影響都是短暫性影響，而不會影響到菌種，在現(xiàn)實生產(chǎn)中，不排除這些異常因素的影響，直接確定菌種退化的風(fēng)險是非常大的。

既然菌種退化不能早期發(fā)現(xiàn)，那么能不能讓菌種不退化呢？這是不可能的，食用菌的生物學(xué)地位決定了一定會產(chǎn)生退化現(xiàn)象，即使大型制藥公司的發(fā)酵菌種保持生產(chǎn)能力也是一個很大的課題。作為食用菌生產(chǎn)者，我們能做的是盡可能的延長一個優(yōu)良菌種的使用時間。從長期看，必須站在育種的角度去維持一個優(yōu)良菌種的性狀穩(wěn)定。顯然，這需要人員和資金的投入，現(xiàn)在全中國范圍又有幾家公司愿意做這件事呢？

目前，日本的金針菇、蟹味菇、香菇的育種工作已經(jīng)進行了幾十年，而我們才剛剛開始，這不是你我振臂一呼就能解決問題的。