雞腿菇的發(fā)酵栽培是將原料混合均勻，按照一定的規(guī)格建堆，進入發(fā)酵工序，當堆體溫度達到一定要求后，按照一定的規(guī)格翻堆建堆，然后進入發(fā)酵過程，一般要翻3~5遍，翻堆要均勻，發(fā)酵過程中要注意打孔、通風、保溫、保濕，堆肥堆發(fā)酵是有機物在各種微生物的作用下，在有氧條件下發(fā)生復雜生物化變化的過程，這一過程受到堆肥原料、堆肥場地、堆置方式、堆置進度、含水量和微生物參與的影響，其中微生物起著特別重要的作用。
堆積發(fā)酵是好氧發(fā)酵，一般堆體建成后幾個小時內(nèi)，堆體內(nèi)的總氧含量就被微生物呼吸耗盡了，堆里的氧氣如何在一定時間內(nèi)補充，它主要依靠堆體的“煙窗”效應來滿足微生物對氧氣的需求，即堆體中心的熱空氣上升，從堆體頂部向外擴散，迫使新鮮空氣從堆體外圍進入堆體，從而產(chǎn)生氣流在堆體內(nèi)的循環(huán)現(xiàn)象，但這種氣流的循環(huán)速度要合適，循環(huán)太快，說明絨頭太干太松，容易出現(xiàn)“白花”現(xiàn)象，循環(huán)太慢，供氧不足，發(fā)生厭氧發(fā)酵，而料堆發(fā)酵，也就是微生物繁殖到一定程度，僅僅依靠煙窗效應供氧是不夠的，這時候就需要翻堆來有效快速的滿足這些高溫菌群對氧氣和營養(yǎng)的需求，也就是說達到均勻發(fā)酵的目的。
堆肥發(fā)酵和堆肥發(fā)酵過程中養(yǎng)分的變化是化學轉(zhuǎn)化和物理變化的復雜過程，其中，微生物活動起著重要的作用，在培養(yǎng)基中，養(yǎng)分分解和養(yǎng)分積累同時進行，有益微生物和有害微生物的代謝活動消耗原料，但更重要的是有益微生物的活動，將復雜的物質(zhì)分解成易于被食用菌吸收的簡單物質(zhì)，同時細菌合成只有食用菌菌絲體才能輕易分解的多糖和蛋白質(zhì)，比如雙孢蘑菇栽培料的主要成分是糞草和化肥，不能被蘑菇菌絲體直接分解利用，這些以纖維素和木質(zhì)素為主要成分的有機物，必須經(jīng)過堆積，在有益微生物如假單胞菌、腐質(zhì)霉、嗜熱鏈霉菌、高溫單孢菌或高溫放線菌，特別是嗜熱嗜溫和嗜熱纖維素分解菌的作用下，降解轉(zhuǎn)化為可被蘑菇菌絲體吸收利用的簡單可溶性物質(zhì)。
放線菌等微生物死亡后留下的代謝產(chǎn)物、細菌蛋白、多糖等物質(zhì)，可以活化和促進蘑菇的生長，發(fā)酵后，過量的游離氨、硫化氫等有毒物質(zhì)被消除，堆肥成為特殊風味，糞肥疏松柔軟，透氣性、吸水性、保溫性等理化性能有所提高，此外，堆肥發(fā)酵過程中產(chǎn)生的高溫殺死了害蟲，減少了病蟲害對蘑菇生長的威脅和危害?？梢?，堆肥發(fā)酵是食用菌栽培的重要技術(shù)環(huán)節(jié)，直接關(guān)系到蘑菇生產(chǎn)的成敗，因此，在分批發(fā)酵中，應選擇糞草發(fā)酵原料，科學協(xié)調(diào)碳氮源，特別注意碳氮比的平衡，培養(yǎng)料發(fā)酵既不能“生”，也不能過熟。
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