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學院最早可溯源至1922年南京高等師范?？茖W校（國立中央大學前身）農業(yè)專修科農藝系土壤門（專業(yè)）。1952年，南京大學（原國立中央大學）農學院農業(yè)化學系、金陵大學農學院土壤組和浙江大學農學院農業(yè)化學系的一部分合并成立南京農學院土壤農業(yè)化學系，1996年更名為資源與環(huán)境科學學院，是我國最早具有碩士、博士學位授予權的單位之一。學院以悠久的歷史、雄厚的師資力量、豐碩的教學科研成果以及良好的社會服務在國內外享有盛譽。一批國內外著名的學者如中國工程院院士蔡道基和中國科學院院士侯光炯、朱顯漠、王德寶、章申等都曾在本院學習或工作過，數十人成為歐美著名高校、研究所中的杰出學者,另有一批畢業(yè)生獲得國家千人計劃專家、國家杰青、教育部長江學者、“全國中青年科技創(chuàng)新領軍人才”、全國農業(yè)科研杰出人才等榮譽稱號。畢業(yè)生中也產生了一些省部級、廳局級、校（所）長等優(yōu)秀管理者。

       全院現有教職工147人，其中教授、研究員和正高級實驗師43人，副教授、副研究員、高級實驗師41人。擁有“國家千人計劃專家”、“國家杰出青年基金獲得者”、“國家教學名師”、“全國農業(yè)科研杰出人才”、“全國中青年科技創(chuàng)新領軍人才”、“全國師德標兵”、國務院學位委員會學科（農業(yè)資源與環(huán)境）評議組召集人、國家973項目首席科學家等。有入選國家“千人計劃”青年人才、優(yōu)青、教育部新世紀優(yōu)秀人才、江蘇省特聘教授、江蘇省“333高層次人才工程”學術領軍人才、江蘇省杰出青年基金獲得者、江蘇省“青藍工程”人才。有10多位教授任職國際學術組織、國際學術期刊編委、入選Elsevier中國高頻引用作者榜單（農業(yè)與生物學領域）。擁有“教育部科技創(chuàng)新發(fā)展團隊”1個，農業(yè)部和江蘇省科研創(chuàng)新團隊4個，“江蘇省高校優(yōu)秀學科梯隊”1個。

       學院具有較強的學科實力，學科排名處于ESI國際生態(tài)環(huán)境領域前1%之列。學院設有農業(yè)資源與環(huán)境、生態(tài)學2個一級學科博士后流動站、擁有農業(yè)資源與環(huán)境國家一級重點學科(在2012年全國第三輪一級學科評估中排名并列第一)、江蘇高校優(yōu)勢學科和“985優(yōu)勢學科創(chuàng)新平臺”，年招收研究生250名（其中博士生50多名）、本科生180名左右。近年來，有3篇博士論文被評為全國百篇優(yōu)秀博士論文，另有2篇被評為全國優(yōu)秀博士論文（提名）。本科專業(yè)中農業(yè)資源與環(huán)境專業(yè)為教育部特色專業(yè)和江蘇省首批A類品牌專業(yè)，環(huán)境工程專業(yè)為省品牌專業(yè)，通過了全國工程教育的專業(yè)認證；學院教學中心被評為“江蘇省實驗教學省級示范中心”。擁有《植物營養(yǎng)學》和《生態(tài)學》2個“國家級優(yōu)秀教學團隊”。“高級植物營養(yǎng)學”被評為教育部來華留學英語授課品牌課程。學院獨立設有黃瑞采教授獎學金和十多個企業(yè)獎助學金，年資助在校生近百萬元。

     學院科研實力雄厚，擁有國家工程中心（科技部），國家重點實驗室（共建），國家地方聯合工程中心（發(fā)改委）（共建），省部級重點實驗室和工程中心。在固體廢棄物的資源化利用、作物養(yǎng)分資源高效利用和阻控重金屬積累的分子遺傳基礎理論和技術、有機污染物在土壤-植物系統(tǒng)中的生物學行為、農業(yè)固碳減排與氣候變化應對、沿海灘涂等非耕地資源綜合利用等方面引領本學科領域的發(fā)展；新型微生物有機肥研發(fā)、污泥和污水生物處理工程技術、綠色食品生產等許多成熟技術在生產實踐中發(fā)揮了重要作用。近年來作為第一完成單位獲國家技術發(fā)明獎二等獎1項，國家科技進步獎二等獎1項，國家教學成果二等獎1項，省部級獎勵10多項。承擔著一批國家和地方部門的重大科研項目，年到位科研經費近6000萬元，年發(fā)表SCI論文150多篇（單篇平均影響因子約3.5），其中有較高的比例入選ESI高頻引用論文。在國際交流方面，有教育部和國家外專局的“農業(yè)資源與環(huán)境學科生物學研究”創(chuàng)新引智基地（“111”項目），與美國、英國、德國、加拿大、澳大利亞、日本、香港等國家和地區(qū)的數十所著名高校和研究所建立了較為緊密的合作關系。

     學院建設目標：以地球科學與生命科學為交叉融合、以農業(yè)資源可持續(xù)利用和生態(tài)環(huán)境保護為特色的國際一流的研究型學院及知識創(chuàng)新基地和高層次人才培養(yǎng)基地。