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中國(guó)科學(xué)院亞熱帶農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所的前身是中國(guó)科學(xué)院桃源農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化研究所，1978年6月在湖南省桃源縣成立，1979年遷至長(zhǎng)沙市并更名為中國(guó)科學(xué)院長(zhǎng)沙農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化研究所，2002年5月進(jìn)入中國(guó)科學(xué)院知識(shí)創(chuàng)新工程試點(diǎn)序列，2003年10月更為現(xiàn)名。現(xiàn)有職工229人，其中研究員及正高級(jí)工程技術(shù)人員34人、副研究員及高級(jí)工程技術(shù)人員52人。設(shè)有生態(tài)學(xué)博士、碩士學(xué)位授予點(diǎn)和動(dòng)物營(yíng)養(yǎng)與飼料科學(xué)以及環(huán)境工程碩士學(xué)位授予點(diǎn)，生態(tài)學(xué)博士后科研流動(dòng)站。

研究所學(xué)科方向?yàn)閬啛釒?fù)合農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)生態(tài)學(xué)，重點(diǎn)開展農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)格局與過(guò)程調(diào)控、畜禽健康養(yǎng)殖與農(nóng)牧系統(tǒng)調(diào)控技術(shù)和作物耐逆境分子生態(tài)學(xué)機(jī)理及其品種選育等三個(gè)方面的研究，目前設(shè)有區(qū)域農(nóng)業(yè)生態(tài)、畜禽健康養(yǎng)殖、作物耐逆境分子生態(tài)等三個(gè)研究中心，擁有中國(guó)科學(xué)院亞熱帶農(nóng)業(yè)生態(tài)過(guò)程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、農(nóng)業(yè)生態(tài)工程湖南省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、湖南省畜禽健康養(yǎng)殖與環(huán)境控制工程中心和廣西石漠化治理工程技術(shù)研究中心，設(shè)立有桃源農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)觀測(cè)研究站、環(huán)江喀斯特生態(tài)系統(tǒng)觀測(cè)研究站、洞庭湖濕地生態(tài)系統(tǒng)觀測(cè)研究站、長(zhǎng)沙農(nóng)業(yè)環(huán)境觀測(cè)研究站等4個(gè)野外站。