廣東省微生物研究所前身為中科院中南真菌研究室，于1964年5月19日經(jīng)國家科委批準成立，1972年改為現(xiàn)名，隸屬于廣東省科學院。依托研究所，1999年廣東省微生物分析檢測中心經(jīng)廣東省編辦批準成立?，F(xiàn)有員工284人，在讀博士和碩士研究生48人，在站博士后7人。其中專業(yè)技術人員205人，博士55人，碩士67人。研究員27人，副研究員32人。建成由中國工程院院士、廣東省科技領軍人才、國家優(yōu)秀青年基金獲得者等為領軍科學家的六大研究中心，在微生物應用基礎研究、行業(yè)共性關鍵技創(chuàng)新及科技服務、微生物高技術成果轉移轉化方面，研究所己成為國內(nèi)領軍科研機構。
作為具有熱帶亞熱帶區(qū)域特色與優(yōu)勢的微生物學專業(yè)科研機構，面向國家和廣東省社會經(jīng)濟發(fā)展對微生物學的重大需求，長期重點致力于具有熱帶亞熱帶特色的微生物資源、微生物與生態(tài)環(huán)境、食品安全及健康等相關基礎、應用基礎及公益性研究，開展為支撐生物技術相關行業(yè)可持續(xù)發(fā)展的共性關鍵技術研究及儲備性前沿技術探索。所內(nèi)建成了省部共建華南應用微生物國家重點實驗室、國家廣州化學品生態(tài)環(huán)境安全評價服務中心、國家生物產(chǎn)業(yè)基地公共實驗中心、國家專利菌種保藏機構—廣東省微生物菌種保藏中心、華南地區(qū)最大（全國第二大）的大型真菌標本館、廣東省飲用水安全應急技術研究中心等一大批國家和省部級科技創(chuàng)新平臺。目前研究所已形成資源微生物學、環(huán)境微生物學、分析微生物學和霉腐微生物學等四大國內(nèi)優(yōu)勢學科。具有博士研究生和碩士研究生培養(yǎng)能力，建成兩個由國家人力資源和社會保障部批準的博士后科研工作站。廣東省微生物學會、廣東省食用菌行業(yè)協(xié)會、廣東省生物技術生產(chǎn)力促進中心、廣東省質量監(jiān)督食用菌檢驗站均掛靠該所。同時兼任中國食用菌協(xié)會副會長單位。
建所五十多年來，研究所在科技創(chuàng)新、行業(yè)共性關鍵技術及科技服務和科技成果轉移轉化等方面取得了顯著成績。在科技創(chuàng)新方面，先后承擔了國家“973”計劃、國家“863”計劃、國家重大科技攻關、國家科技支撐、國際合作、國家自然科學基金、農(nóng)業(yè)科技成果轉化、國家生物高新技術產(chǎn)業(yè)化示范工程、廣東省教育部產(chǎn)學研、粵港招標項目和省基金團隊、省重大重點科技攻關以及科技援藏、廣州市重大重點科技項目等重大重點科技項目。共取得科技創(chuàng)新成果152項，其中國際先進、領先水平的76項；獲得國家及省部級成果獎111項，其中國家級成果獎7項、省部級一等獎16項；共申請專利365件，授權專利209件，其中發(fā)明專利195件。2010年被認定為“廣東省知識產(chǎn)權示范事業(yè)單位”和“全國企事業(yè)知識產(chǎn)權試點單位”；主持和參與國家、行業(yè)和地方標準的制修訂110多個；在國內(nèi)外核心學術刊物發(fā)表論文2000多篇，出版科技專著36部。獲“十一·五”國家科技計劃執(zhí)行優(yōu)秀團隊獎。
依托于該所建設的廣東省菌種保藏與應用重點實驗室在2000年、2003年、2006年和2010年連續(xù)四次被評為廣東省優(yōu)秀重點實驗室；廣東省微生物應用新技術公共實驗室2008年以優(yōu)異成績通過廣東省科技廳的驗收；在廣東省菌種保藏與應用重點實驗室和廣東省微生物應用新技術公共實驗室的基礎上組建的廣東省華南應用微生物重點實驗室2009年獲科技部批準組建省部共建國家重點實驗室培育基地，2012年4月通過科技部組織的專家驗收，2013年3月通過科技部組織的專家論證，成功晉升為省部共建華南應用微生物國家重點實驗室。國家重點實驗室的主要研究方向為“熱帶亞熱帶微生物資源多樣性與利用、環(huán)境微生物與區(qū)域生態(tài)安全、有害微生物監(jiān)測與防控”。目前實驗室擁有實驗面積6750平方米，包括公共實驗室、大型儀器室、華南微生物資源中心（包括標本庫和菌種保藏中心）、環(huán)境微生物實驗室、微生物檢測與控制實驗室、霉腐微生物實驗室、食藥用菌生理功能及分子機理實驗室、工業(yè)化前期實驗室及動物實驗技術公共服務平臺等；擁有10萬元以上各類儀器設備127臺套，原值5338萬元，其中30萬元以上設備49臺套，包括流式細胞儀、透射電子顯微鏡、掃描電子顯微鏡、激光共聚焦顯微鏡、原子力顯微鏡、分子相互作用儀、高通量基因測序儀、數(shù)字PCR系統(tǒng)、超高效液相色譜儀、微生物電解呼吸儀、質譜聯(lián)用儀、氣相色譜儀、電感耦合等離子體質譜儀、高性能三重串聯(lián)四級桿液質聯(lián)用系統(tǒng)、高速冷凍離心機、全自動微生物鑒定系統(tǒng)等，以上設備大部分是2008年以來購置，整體儀器設備達到國際先進水平，以上實驗室及設備完全具備了分子水平、細胞水平及基因水平的研究要求。
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