食用菌菌種的質量直接影響著栽培結果，即產(chǎn)量的高低，是產(chǎn)生經(jīng)濟效益的關鍵因素之一。實際生產(chǎn)中，一些優(yōu)良的食用菌品種往往用不了幾代就出現(xiàn)菌種退化現(xiàn)象，很大程度上阻礙了食用菌產(chǎn)業(yè)的健康發(fā)展。菌種退化是當前食用菌生產(chǎn)中十分突出的問題，要最大限度地減緩或解決食用菌菌種退化問題就必須了解食用菌菌種退化的原因，從根本上防止菌種退化。
1. 食用菌菌種退化
1.1菌種退化
退化是一種變異，食用菌菌種退化是指在正常栽培條件下，食用菌菌種的優(yōu)良性狀及典型性由于菌絲體的遺傳物質發(fā)生變異而在傳代過程中逐漸喪失的現(xiàn)象。菌種退化不是某一次轉代突然出現(xiàn)的，也不是短時間發(fā)生的，只有群體中退化菌絲在數(shù)量上占一定優(yōu)勢后，才有表現(xiàn)，是從量變到質變的漸變結果，需要較長的時間。食用菌產(chǎn)量和質量的下降是食用菌菌種退化的最終結果。
1.2 菌種退化表現(xiàn)
菌絲體生長緩慢、叢生，長勢稀疏、尖端生長不整齊，整齊度下降，對環(huán)境條件（氧氣、溫度、酸堿度、二氧化碳）、雜菌等的抵抗力變弱，生活力衰退，品種變劣，出菇遲，產(chǎn)量降低，出菇潮次不明顯等，但最終都是產(chǎn)量和質量連續(xù)性的下降。
2. 食用菌菌種退化的原因
2.1 菌種不純
在菌種繼代培養(yǎng)過程中，菌種試管或袋內含有其他種類的雜菌，不是只含有所需要菌種的菌絲體，不同菌種混雜交叉感染，不同菌絲體混雜在一起出現(xiàn)不良雜交，導致菌絲生長發(fā)生變異，原有品種生產(chǎn)性狀的改變。
2.2 有害突變或感染病毒
菌株的菌絲細胞中發(fā)生有害突變，正常菌株一般不會導致遺傳性狀的改變，盡管經(jīng)過多代移植，但突變體能適應外界環(huán)境條件，在菌絲細胞群中所占的比例會隨著移接次數(shù)的增加而增大，造成菌株的生產(chǎn)性能惡化。菌種被感染病毒后，病毒一邊通過帶毒孢子傳染下一代，一邊隨著菌絲體的擴大繁殖而增加數(shù)量，病毒粒子到達一定濃度，菌菇質量下降、明顯減產(chǎn)。
2.3 培養(yǎng)環(huán)境不適合
培養(yǎng)環(huán)境不適合菌種生長，食用菌的生長環(huán)境包括：溫度、濕度、通氣、光照、PH值、培養(yǎng)基過于豐富或過于貧瘠等，其中溫度對生物代謝的影響最大，也是菌種退化的主要環(huán)境因素，菌種會因極度不適的溫度環(huán)境發(fā)生遺傳特性的改變。如果以上條件不能滿足菌種的生活要求，特別是溫度條件不滿足，將會造成菌種失去自我調節(jié)的能力，喪失應該具有優(yōu)良種性。
2.4 品種退化
一個品種的菌株在使用過程中，不重視人工選擇，菌株隨著培養(yǎng)和使用時間的延長，由于菌齡增長逐漸發(fā)生一些自然突變，這些突變中不利的微型變異多，經(jīng)常發(fā)生，發(fā)生表現(xiàn)型影響較大的突變頻率低，表現(xiàn)出新陳代謝機能逐漸減低，抗逆能力喪失，失去高產(chǎn)性狀。
2.5 轉代次數(shù)過多
實際的食用菌生產(chǎn)中，采用不正確的菌種培養(yǎng)和制作的轉代，轉代的次數(shù)越多，引起食用菌菌種退化的可能性就越大。
2.6 孢子結實能力差
粉孢子、節(jié)孢子和分生孢子是母種菌絲階段產(chǎn)生的，在條件合適的時候粉孢子等會萌發(fā)出不具有結實能力的菌絲，有的菌絲結實能力很差，和正常的菌絲繼續(xù)轉代后互相混合，整體從菌絲的外觀基本沒有任何的表現(xiàn)。
2.7 菌種保藏不當
食用菌生產(chǎn)離不開菌種保藏，菌種保藏期間的保藏方法不當，保藏溫度過高、過低，保藏時間過長，都會引起食用菌菌種退化。保藏期間如斜面母種出現(xiàn)子實體，有菌蓋形成的情況下，條件合適就會有孢子彈射到斜面上萌發(fā)出菌絲，有性繁殖和無性繁殖混在一起，食用菌菌種發(fā)生退化。
3. 防止食用菌菌種退化對策
3.1 防止菌種混雜，保證菌種的純培養(yǎng)
要保持優(yōu)良菌種遺傳足夠的穩(wěn)定性，應加強品種隔離，在菌種轉管工作中盡量防止和減少品種間的混雜，保證菌種的純培養(yǎng)；不用被雜菌污染的菌種，不要近距離相連接培養(yǎng)菌種，不要用同一食用菌種類的不同菌株混合。
3.2 控制菌種傳代次數(shù)，保證菌種活力
微生物都存在自發(fā)突變，而這種突變是在繁殖過程中發(fā)生或表現(xiàn)出來的，應盡量減少菌種傳代次數(shù)，避免不必要的移種和傳代，一方面可以減少機械損傷，保證菌種活力，另一方面可以減少菌種自發(fā)突變的概率，降低菌種發(fā)生衰退的機會。菌種傳代次數(shù)越多，繁殖越頻繁，產(chǎn)生突變的概率就越高，生產(chǎn)中菌種的移接代數(shù)不能超過5代，應嚴格控制，避免病毒雜菌或雜菌污染。及時淘汰病毒粒子含量大、受到嚴重影響的菌絲體及子實體。
3.3 做好菌種保藏，延緩菌種退化速度
有效的菌種保藏方法能確保菌種長期保持原有優(yōu)良性狀，延緩、遏制菌種老化和變異的速度。適當?shù)蜏乇４婢N有利于保存菌絲體的活力，高溫型菌種在16℃下保存，低溫型菌種在4℃保存。應采取短期、中期和長期三者相結合的方式保存菌種。根據(jù)不同的要求，低溫保藏期間菌種應每隔2到3個月移接一次。
3.4 創(chuàng)造合適的生活環(huán)境，促進菌種健壯生長
菌種的生長繁殖是否良好受外界條件（物理、化學和生物變化）等影響較大，條件適宜，菌種生長良好，條件不適宜，則會引起菌種的退化。要給菌種創(chuàng)造生長的良好生活環(huán)境和營養(yǎng)條件，適宜的菌種培養(yǎng)基能使菌種生長健壯，營養(yǎng)過于豐富和不足對菌種生長均不利；適當調整、更換培養(yǎng)基，對因營養(yǎng)基質不適而衰退的菌種，有一定的復壯作用；在高溫夏季，給培養(yǎng)基加加入適量的維生素E有延緩細胞衰老作用。
3.5 定期分離菌種，保持菌種優(yōu)良性狀
生產(chǎn)上無性繁殖可保持菌種的優(yōu)良性狀，而反復進行無性繁殖會使菌種的優(yōu)良性狀不斷衰退；有性繁殖所產(chǎn)生的孢子具有豐富的遺傳特性，以組織分離（無性繁殖）來鞏固優(yōu)良菌株的遺傳特性，以孢子分離（有性繁殖）來發(fā)現(xiàn)優(yōu)良菌株，將有性繁殖和無性繁殖有計劃的交替使用，定期進行菌種分離，可使衰退品種得到恢復，是防止菌種衰退的有效方法。孢子分離3年進行一次，組織分離最好每年進行一次。新分離的菌種必須符合要求才能用于生產(chǎn)。
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